Formation et débuts : après des études de chinois et sciences politiques dans sa ville natale, Los Angeles, Jonathan Stockhammer s’oriente vers la composition et la direction d’orchestre. Il dirige le Philharmonique de Los Angeles comme remplaçant durant ses études, puis devient assistant du chef principal Esa Pekka Salonen. Il s’établit alors en Allemagne, où il collabore étroitement avec le Collegium Novum Zürich, l’Ensemble Modern et l’Ensemble Resonanz.
Répertoire et scènes : spécialisé dans le domaine lyrique, il dirige L’Opéra de quat’sous (Weill), Une tragédie florentine (Zemlinsky), Luci mie traditrici (Sciarrino) et Monkey, Journey to the West (Albarn). En 2009 il dirige l'Orchestre symphonique de la Radio de Stuttgart dans Proserpina puis en 2010 l'Orchestre. En 2010, il dirige l’Orchestre philharmonique de Radio France dans A Little Night Music (Sondheim) au Théâtre du Châtelet, il fait ses débuts au New York City Opera dans Powder Her Face (Adès, 2013) puis à l’Opéra d’État de Vienne dans une production de Trois soeurs (Eötvös, 2016) ; il dirige aussi la création mondiale de Koma (Haas, 2016) au Festival de Schwetzingen et fait ses débuts à l’Opéra de Bâle dans Satyagraha (Glass, production de Cherkaoui). À l’Opéra de Lyon, il a dirigé, entre autres, Trois Soeurs de Peter Eötvös et la création française de Faustus, the Last Night (Dusapin).
Collaborations : il dirige l’Orchestre philharmonique d’Oslo, l’Orchestre de Hambourg, l’Orchestre symphonique de la NDR et l’Orchestre symphonique de Sydney, aux Festivals de Salzbourg, Lucerne, Donaueschingen, à la Biennale de Venise, au Festival Wien Modern, etc.
À venir : il fera ses débuts à l’Opéra-Comique de Berlin dans Satyagraha, se produira au Théâtre de Berne, au Grand Théâtre de Palerme, dirigera le Mahler Chamber Orchestra, l’Orchestre philharmonique de Radio France, etc.
Autres activités : il affectionne les projets tissant des liens entre musique classique et répertoire rock, pop et hip-hop, comme dans l’enregistrement Greggery Peccary & Other Persuasions reprenant des oeuvre Frank Zappa avec l’Ensemble Modern (RCA, 2003, album récompensé d’un ECHO Klassik) ou encore la nouvelle bande originale du film Le Cuirassé Potemkin (Eisenstein, 1925) réalisée avec le groupe Pet Shop Boys.